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  • Format pubmed
    • Publications de 2018

      1
      Analysis of the HIV-2 protease's adaptation to various ligands: characterization of backbone asymmetry using a structural alphabet.

      Auteurs : Triki D , Cano Contreras ME , Flatters D , Visseaux B, Descamps D, Camproux AC , Regad L .
      Publication : 2018
       Lien vers la publication en ligne (8(1):710)
      scientific reports
    • Publications de 2017

      27
      Breast cancer targeting through inhibition of the endoplasmic reticulum-based apoptosis regulator Nrh/BCL2L10

      Auteurs : Nougarede A, Popgeorgiev N, Kassem L, Omarjee S, Borel S, Mikaelian I, Lopez J, Gadet R, Marcillat O, Treilleux I,Villoutreix BO, Rimokh R, Gillet G
      Publication : Le 19 Décembre 2017 / in press
      Cancer Res.
      26
      Expression and Functional Characterization of Two Natural Heparin-binding Site Variants of Antithrombin

      Auteurs : Dinarvand P, Yang L, Villoutreix BO,Rezaie AR
      Publication : 2017 / in press
      Journal of Thrombosis and Haemostasis
      25
      Identification of insulin-sensitizing molecules acting by disrupting the interaction between the Insulin Receptor and Grb14

      Auteurs : Gondoin A, Hampe C, Eudes R, Fayolle C, Pierre-Eugene C, Miteva M, Villoutreix BO, Charnay-Pouget F, Aitken DJ, Issad T, Burnol AF
      Publication : 2017 / in press
      scientific reports
      24
      Exploring the potential of a structural alphabet-based tool for mining multiple target conformations and target flexibility insight.

      Auteurs : Regad L, Chéron JB, Triki D, Senac C, Flatters D, Camproux AC.
      Publication : 2017 / 12(8):e0182972
      Plos ONE
      23
      A novel variant of DHH in a familial case of 46,XY disorder of sex development: Insights from molecular dynamics simulations.

      Auteurs : Paris F, Flatters D, Caburet S, Legois B, Servant N, Lefebvre H, Sultan C, Veitia RA.
      Publication : 2017 / 87(5):539-544
      Clin Endocrinol
      22
      Chirality in metric spaces. In memoriam Michel Deza.

      Auteurs : Michel Petitjean
      Publication : 2017 / in press
      Optim. Letters
      21
      Class I HDAC Inhibitors: Potential New Epigenetic Therapeutics for Alcohol Use Disorder (AUD).

      Auteurs : Bourguet E, Ozdarska K, Moroy G, Jeanblanc J, Naassila M.
      Publication : Le 22 Août 2017 / in press
      J. Med. Chem.
      20
      FAF-Drugs4: Free ADME-Tox Filtering computations for chemical biology and early stages drug discovery

      Auteurs : David Lagorce, Lina Bouslama, Jerome Becot, Maria A. Miteva, Bruno O. Villoutreix
      Publication : 2017 / in press
      Bioinformatics
      19
      In silico model of the human ClC-Kb chloride channel: pore mapping, biostructural pathology and drug screening.

      Auteurs : Louet M, Bitam S, Bakouh N, Bignon Y, Planelles G, Lagorce D, Miteva M, Eladari D, Teulon J, Villoutreix BO.
      Publication : Le 07 Juillet 2017 / in press
      scientific reports
      18
      Statistical profiling of one promiscuous protein binding site: illustrated by urokinase catalytic domain

      Auteurs : Natacha Cerisier , Leslie Regad , Dhoha Triki , Michel Petitjean , Delphine Flatters , Anne-Claude Camproux
      Publication : Le 29 Juin 2017 / 36(10),170040.
      Molecular Informatics
      17
      The cytochrome P450 3A4 has three major conformations: new clues to drug recognition by this promiscuous enzyme.

      Auteurs : Benkaidali L., André F., Moroy G. , Tangour B., Maurel F., Petitjean M.
      Publication : 2017 / 36(10),170044.
      Molecular Informatics
      16
      Human environmental disease network: a computational model to assess toxicology of contaminants

      Auteurs : Taboureau O, Audouze K.
      Publication : 2017 / 34(2):289-300
      ALTEX
      15
      A Computational Methodology to Overcome the Challenges Associated With the Search for Specific Enzyme Targets to Develop Drugs Against

      Auteurs : Catharina L, Ribeiro Lima C, Franca A, Ramos Guimarães AC, Alves-Ferreira M, Tuffery P, Derreumaux P, Carels N
      Publication : Le 09 Juin 2017
       Lien vers la publication en ligne (2017:11 1177932217712471 )
      Bioinformatics and Biology Insights
      14
      Cavity Versus Ligand Shape Descriptors: Application to Urokinase Binding Pockets.

      Auteurs : Cerisier N, Regad L, Triki D, Camproux AC, Petitjean M.
      Publication : 2017 / 24(11):1134-1137
      J. Comput Biol.
      13
      Combined assessment of DYRK1A, BDNF and homocysteine levels as diagnostic marker for Alzheimer s disease.

      Auteurs : N Janel, P Alexopoulos, A Badel, F Lamari, AC Camproux, J Lagarde, S Simon, C Feraudet-Tarisse, P Lamourette, M Arbones, JL Paul, B Dubois, MC Potier, M Sarazin and JM Delabar
      Publication : 2017 / 7(6):e1154
      Transl Psychiatry
      12
      AMMOS2: a web server for protein ligand-water complexes refinement via molecular mechanics.

      Auteurs : Labbé C, Pencheva T, Jereva D, Desvillechabrol D, Becot J, Villoutreix BO, Pajeva I, Miteva MA
      Publication : Le 09 Mai 2017 / in press
      Nucleic Acids Research
      11
      The pepATTRACT web server for blind, large-scale peptide-protein docking.

      Auteurs : de Vries SJ, Rey J, Schindler CEM, Zacharias M, Tuffery P.
      Publication : Le 29 Avril 2017
       Lien vers la publication en ligne (in press)
      Nucleic Acids Research
      10
      Investigating the Importance of the Pocket-estimation Method in Pocket-based Approaches: An Illustration Using Pocket-ligand Classification.

      Auteurs : Caumes G, Borrel A, Abi Hussein H, Camproux AC, Regad L.
      Publication : 2017 / 36(9)
      Molecular Informatics
      9
      Peptide Suboptimal Conformation Sampling for the Prediction of Protein-Peptide Interactions.

      Auteurs : Lamiable A, Thévenet P, Eustache S, Saladin A, Moroy G, Tuffery P.
      Publication : Le 01 Avril 2017
       Lien vers la publication en ligne (2017:1561:21-34.)
      Methods Mol Biol
      8
      Computational analysis of calculated physicochemical and ADMET properties of protein-protein interaction inhibitors.

      Auteurs : Lagorce D, Douguet D, Miteva MA, Villoutreix BO.
      Publication : Le 28 Mars 2017 / in press
      scientific reports
      7
      Pan-Assay INterference CompoundS that may not be too painful for chemical biology projects.

      Auteurs : Lagorce D, Oliveira N, Miteva MA, Villoutreix BO
      Publication : Le 28 Mars 2017 / in press
      Drug Discovery Today
      6
      Gly74Ser mutation in protein C causes thrombosis due to a defect in protein S-dependent anticoagulant function.

      Auteurs : Chen, C, Yang L, Villoutreix BO, Wang X, Ding Q, Rezaie AR.
      Publication : Le 28 Mars 2017 / in press
      Thromb Haemost.
      5
      PatchSearch: A Fast Computational Method for Off-Target Detection.

      Auteurs : Rasolohery I, Moroy G, Guyon F
      Publication : Le 24 Mars 2017
       Lien vers la publication en ligne (24;57(4):769-777.)
      J. Chem. Inf. Model.
      4
      Synthesis and biological evaluation of dihydropyrano- 2,3-c pyrazoles as a new class of PPARγ partial agonists.

      Auteurs : Qvortrup K, Jensen JF, Sørensen MS, Kouskoumvekaki I, Petersen RK, Taboureau O, Kristiansen K, Nielsen TE.
      Publication : Le 28 Février 2017 / 12(2): e0162642.
      Plos ONE
      3
      Structural isosteres of phosphate groups in the Protein Data Bank

      Auteurs : Zhang Y, Borrel A , Ghemtio L, Regad L , Boije Af Gennäs G, Camproux AC , Yli-Kauhaluoma J, Xhaard HG.
      Publication : 2017 / 57(3):499-516.
      J. Chem. Inf. Model.
      2
      Global vision of druggability issues, applications and perspectives

      Auteurs : Hiba Abi Hussein , Colette Geneix , Michel Petitjean , Alexandre Borrel , Delphine Flatters , Anne-Claude Camproux
      Publication : 2017
       Lien vers la publication en ligne (22(2):404-415)
      Drug Discovery Today
      1
      Blockade of the malignant phenotype by β-subunit selective noncovalent inhibition of immuno- and constitutive proteasomes.

      Auteurs : Villoutreix B.O, Khatib A.M, Cheng Y, Miteva M.A, Maréchal, X, Vidal J, Reboud-Ravau M.
      Publication : Le 02 Janvier 2017 / DOI: 10.18632
      Oncotarget
    • Publications de 2016

      27
      Insights into the interaction of high potency inhibitor IRC-083864 with phosphatase CDC25.

      Auteurs : Sarkis M, Miteva M.A, Dasso Lang M.C, Jaouen M, Sari M.A, Galcéra M.O, Ethève-Quelquejeu M, Garbay C,Bertho G, Braud E
      Publication : Le 05 Décembre 2016 / doi: 10.1002
      Proteins
      26
      Design, Synthesis, and Use of MMP-2 Inhibitor-Conjugated Quantum Dots in Functional Biochemical Assays.

      Auteurs : Bourguet E, Brazhnik K, Sukhanova A, Moroy G, Brassart-Pasco S, Martin AP, Villena I, Bellon G, Sapi J, Nabiev I.
      Publication : Le 18 Octobre 2016 / 27(4):1067-81.
      Bioconjug Chem.
      25
      In silico structural characterization of protein targets for drug development against Trypanosoma cruzi

      Auteurs : Ribeiro Lima C , Carels N, Ramos Guimaraes A-C, Tufféry P, Derreumaux P.
      Publication : Le 17 Octobre 2016 / in press
      J. Mol. Model.
      24
      Chiral Multitori as Snub Derivatives.

      Auteurs : Diudea M.V., Petitjean M.
      Publication : 2016 / 2016, 61[4-5], 327--335.
      Rev. Roum. Chim.
      23
      Acute genetic ablation of pendrin lowers blood pressure in mice.

      Auteurs : Trepiccione F, Soukaseum C, Baudrie V, Kumai Y, Teulon J, Villoutreix BO, Corniere N, Wangemann P, Griffith AJ, Choi BY, Hadchouel J, Chambrey R, Eladari D.
      Publication : Le 06 Octobre 2016 / in press
      Nephrology Dialysis Transplantation
      22
      Effects of common pesticides on prostglandin D2 (PGD2) inhibition in SC5 mouse sertoli cells, evidence of binding at the COX-2 active site, and implications for endocrine disruption.

      Auteurs : Kugathas S, Audouze K , Ermler S, Orton F, Rosivatz E, Scholze M, Kortenkamp A.
      Publication : 2016 / 124(4):452-9.
      Environ Health Perspect.
      21
      Pharmacogenomics of the cytochrome P450 2C family: impacts of amino acid variations on drug metabolism.

      Auteurs : Isvoran A, Louet M, Vladoiu DL, Craciun D, Loriot MA, Villoutreix BO, Miteva MA
      Publication : Le 27 Septembre 2016 / S1359-6446(16)30339-7
      Drug Discovery Today
      20
      Pharmacophore Model To Discover OX1 and OX2 Orexin Receptor Ligands

      Auteurs : Ainoleena Turku, Alexandre Borrel, Teppo O. Leino, Lasse Karhu, Jyrki P. Kukkonen, and Henri Xhaard
      Publication : Le 22 Septembre 2016 / 59(18):8263-75
      J. Med. Chem.
      19
      A Cell-Penetrating Peptide Targeting AAC-11 Specifically Induces Cancer Cells Death.

      Auteurs : Jagot-Lacoussiere L, Kotula E, Villoutreix BO, Bruzzoni-Giovanelli H, Poyet JL.
      Publication : Le 15 Septembre 2016 / 76(18):5479-90.
      Cancer Res.
      18
      In silico systems pharmacology to assess drugs therapeutic and toxic effects.

      Auteurs : Orozco AA, Audouze K , Brunak S, Taboureau O.
      Publication : Le 06 Septembre 2016 / 22(46):6895-6902.
      Current Pharmaceutical Design
      17
      Discoidin Domains as Emerging Therapeutic Targets.

      Auteurs : Villoutreix BO, Miteva MA.
      Publication : Le 01 Août 2016 / 37(8):641-59
      Trends Pharmacol Sci
      16
      Combining bioinformatics, chemoinformatics and experimental approaches to design chemical probes: Applications in the field of blood coagulation.

      Auteurs : Villoutreix BO
      Publication : Le 01 Juillet 2016 / 74(4):253-66.
      Ann Pharm Fr
      15
      Screening for protein-protein interactions using Förster resonance energy transfer (FRET) and fluorescence lifetime imaging microscopy (FLIM

      Auteurs : Margineanu A, Chan JJ, Kelly DJ, Warren SC,Flatters D, Kumar S, Katan M, Dunsby CW, French PM
      Publication : Le 24 Juin 2016 / 6:28186
      scientific reports
      14
      Progress with peptide scanning to study Structure-Activity Relationships: the implications for drug discovery

      Auteurs : Eustache S, Leprince J, Tufféry P
      Publication : Le 14 Juin 2016 / in press
      Expert Opinion on Drug Discovery
      13
      A critical assessment of Hidden Markov Model sub-optimal sampling strategies applied to the generation of peptide 3D models.

      Auteurs : Lamiable A, Thevenet P, Tuffery P
      Publication : Le 14 Juin 2016 / in press
      J. Comput. Chem.
      12
      In Silico Medicinal Chemistry: Computational Methods to Support Drug Design

      Auteurs : Petitjean M., Camproux A.-C.
      Publication : 2016 / 11[13] 1480-1481 Edited by Nathan Brown
      ChemMedChem
      11
      Synthesis and Biological Evaluations of Cytotoxic and Antiangiogenic Triterpenoids-Jacaranone Conjugates.

      Auteurs : Sun H, Yue PY, Wang SR, Huo L, Zhao Y, Xie S, Kringelum JV, Lund O, Taboureau O , Zhou J, Wong RN, Fang WS.
      Publication : 2016 / 12(8):775-785.
      Medicinal chemistry
      10
      PEP-FOLD3: faster de novo structure prediction for linear peptides in solution and in complex.

      Auteurs : Lamiable A, Thévenet P, Rey J, Vavrusa M, Derreumaux P, Tufféry P
      Publication : Le 29 Avril 2016
       Lien vers la publication en ligne (in press)
      Nucleic Acids Research
      9
      InterEvDock: a docking server to predict the structure of protein-protein interactions using evolutionary information.

      Auteurs : Yu J, Vavrusa M, Andreani J, Rey J, Tufféry P, Guerois R.
      Publication : Le 29 Avril 2016
       Lien vers la publication en ligne (in press)
      Nucleic Acids Research
      8
      In silico characterization of the interaction between LSKL peptide, a LAP-TGF-beta derived peptide, and ADAMTS1.

      Auteurs : Laurent MA, Bonnier D, Théret N, Tufféry P, Moroy G
      Publication : Le 21 Avril 2016
       Lien vers la publication en ligne (61:155-61)
      Computational Biology and Chemistry
      7
      Binding of phenothiazines into allosteric hydrophobic pocket of human thioredoxin 1.

      Auteurs : Philot EA, da Mata Lopes D, de Souza AT, Braz AS, Nantes IL, Rodrigues T, Perahia D, Miteva MA, Scott LP
      Publication : Le 01 Avril 2016 / 45(3):279-86
      Eur Biophys J.
      6
      Effect of cadmium administration in hyperhomocysteinemic mice due to cystathionine beta synthase deficiency.

      Auteurs : Ramambason C, Moroy G, Daubigney F, Paul JL, Janel N.
      Publication : Le 10 Mars 2016 / 2016; 68(6):365-70.
      Exp Toxicol Pathol.
      5
      Investigating the impact of missense mutations in hCES1 by in silico structure-based approaches.

      Auteurs : Nzabonimpa GS, Rasmussen HB, Brunak S, Taboureau O
      Publication : Le 25 Février 2016 / in press
      Drug Metabol Personal Ther.
      4
      ChemProt-3.0: a global chemical biology diseases mapping.

      Auteurs : Kringelum J, Kjaerulff SK, Brunak S, Lund O, Oprea TI, Taboureau O.
      Publication : Le 13 Février 2016
       Lien vers la publication en ligne (2016 Feb 13)
      database
      3
      Stabilization of protein-protein interaction complexes through small molecules.

      Auteurs : Zarzycka B, Kuenemann MA, Miteva MA, Nicolaes GA, Vriend G, Sperandio O.
      Publication : Le 01 Janvier 2016
       Lien vers la publication en ligne (21(1):48-57.)
      Drug Discovery Today
      2
      iPPI-DB: an online database of modulators of protein-protein interactions.

      Auteurs : Labbé CM, Kuenemann MA, Zarzycka B, Vriend G, Nicolaes GA, Lagorce D, Miteva MA, Villoutreix BO, Sperandio O.
      Publication : Le 01 Janvier 2016
       Lien vers la publication en ligne (4;44(D1):D542-7.)
      Nucleic Acids Research
      1
      Assessment of some pesticides interactions with human cytochrome P450: CYP2C8, CYP2C9 and CYP2C19 by molecular docking approach.

      Auteurs : A. Ciorsac, D.Vladoiu, C.Fagnen, M. Louet, MA. Miteva, A.Isvoran
      Publication : Le 01 Janvier 2016 / 1722, 300001
      AIP Conference Proceeding Series
    • Publications de 2015

      34
      Computational methods for reproductive and developmental toxicology.

      Auteurs : Olivier Taboureau , Karine Audouze , and Søren Brunak
      Publication : 2015 / 3, 23-35.
      REACH and Environmental Chemicals.
      33
      Exposure to perfluorononanoic acid combined with a low-dose mixture of 14 human-relevant compounds disturbs energy/lipid homeostasis in rats.

      Auteurs : Skov K, Kongsbag K, Hadrup N, Frandsen HL, Svingen T, Smedsgaard J, Audouze K , Eklund AC, Vinggaard AM.
      Publication : 2015 / 11, 1451-1464.
      Metabolomics
      32
      Sampling of conformational ensemble for virtual screening using molecular dynamics simulations and normal mode analysis.

      Auteurs : G. Moroy, O. Sperandio, S. Rielland, S. Khemka, K. Druart, D. Goyal, D. Perahia, M. A. Miteva
      Publication : Le 01 Novembre 2015 / 7(17):2317-31
      Future Med Chem
      31
      Chemical biology databases : from agregation, curation to représentation.

      Auteurs : Audouze K., Taboureau O.
      Publication : 2015 / 14:25-9
      Drug Discovery Today
      30
      INDICES Consortium. Individualization of treatments with drugs metabolized by CES1 : combining genetics and metabolomics.

      Auteurs : Rasmussen HB, Bjerre D, Linnet K, Jurgens G, Dalhoff K, Stefansson H, Hankemeier T, Kaddurah-Daouk R, Taboureau O , Brunak S, Houmann T, Jeppesen P, Pagsberg AK, Plessen K, Dyrborg J, Hansen PR, Hansen PE, Hugues T, Werge T
      Publication : 2015 / 16(6):649-65
      Pharmacogenomics
      29
      Genetic polymorphisms associated with increased risk of developing chronic myelogenous leukemia.

      Auteurs : Bruzzoni-Giovanelli H, González J, Sigaux F, Villoutreix BO, Cayuela JM, Guilhot J, Preudhomme C, Guilhot F, Poyet JL and Rousselot P
      Publication : Le 21 Septembre 2015 / in press
      Oncotarget
      28
      Effects of Common Pesticides on Prostaglandin D2 (PGD2) Inhibition in SC5 Mouse Sertoli Cells, Evidence of Binding at the COX2 Active Site, and Implications for Endocrine Disruption.

      Auteurs : Kugathas S, Audouze K, Ermler S, Orton F, Rosivatz E, Scholze M, Kortenkamp A.
      Publication : 2015
       Lien vers la publication en ligne (in press)
      Environ Health Perspect.
      27
      Integrated structure- and ligand-based in silico approach to predict inhibition of cytochrome P450 2D6.

      Auteurs : Martiny VY, Carbonell P, Chevillard F, Moroy G, Nicot AB, Vayer P, Villoutreix BO, Miteva MA
      Publication : Le 26 Août 2015
       Lien vers la publication en ligne (in press)
      Bioinformatics
      26
      HHalign-KBest: Exploring sub-optimal alignments for remote homology comparative modeling

      Auteurs : Yu J, Picord G, Tuffery P, Guerois R
      Publication : Le 21 Juillet 2015 / in press
      Bioinformatics
      25
      System Biology : a new paradigm for drug discovery

      Auteurs : H. Abi Hussein , A. Borrel , L. Regad , D. Flatters , A. Badel , C. Geneix , M. Petitjean , A.-C. Camproux and O. Taboureau
      Publication : 2015 / ISBN : 9780124172050 (Academic Press)
      The Practice of Medicinal Chemistry-Fourth Edition
      24
      Therapeutic targeting of nuclear gamma-tubulin in RB1-negative tumors.

      Auteurs : Lindstrom L, Villoutreix BO, Lehn S, Hellsten R, Nilsson E, Crneta E, Olsson R, Alvarado-Kristensson M.
      Publication : Le 01 Juillet 2015
       Lien vers la publication en ligne (13(7):1073-82)
      Molecular Cancer Research
      23
      PockDrug-Server: a new web server for predicting pocket druggability on holo and apo proteins

      Auteurs : Hiba Abi Hussein, Alexandre Borrel, Colette Geneix, Michel Petitjean, Leslie Regad, Anne-Claude Camproux
      Publication : 2015
       Lien vers la publication en ligne (i43(W1):W436-42.)
      Nucleic Acids Research
      22
      BCSearch: fast structural fragment mining over large collections of protein structures.

      Auteurs : Guyon F, Martz F, Vavrusa M, Bécot J, Rey J, Tufféry P.
      Publication : Le 01 Juillet 2015
       Lien vers la publication en ligne (2015 43(W1):W378-82.)
      Nucleic Acids Research
      21
      Evolution of substrate recognition sites (SRSs) in cytochromes P450 from Apiaceae exemplified by the CYP71AJ subfamily.

      Auteurs : Dueholm B., Krieger C., Drew D., Olry A., Kamo T., Taboureau O., Weitzel C., Bourgaud F., Hehn A., Simonsen HT.
      Publication : Le 26 Juin 2015 / 15:122
      BMC Evol. Biol
      20
      Analytical algorithms for ligand cone angles calculations. Application to triphenylphosphine palladium complexes.

      Auteurs : Petitjean M.
      Publication : Le 05 Juin 2015 / 18[6], 678-684
      Compt. Rend. Chim.
      19
      PockDrug: a model for predicting pocket druggability that overcomes pocket estimation uncertainties

      Auteurs : Borrel Alexandre,Regad Leslie, Xhaard Henri, Petitjean Michel, Camproux Anne-Claude
      Publication : Le 27 Avril 2015 / 55(4):882-95
      J. Chem. Inf. Model.
      18
      Theileria parasites secrete a prolyl isomerase which contributes to host leukocyte transformation.

      Auteurs : Marsolier J, Perichon M, DeBarry JD, Villoutreix BO, Chluba J, Garrido C, Zhou XZ, Lu KP, Ait-Si-Ali S, Fritsch L, Mhadhbi M, Medjkane S, Weitzman JB.
      Publication : Le 16 Avril 2015 / 520(7547):378-82
      Nature
      17
      Accessing external innovation in drug discovery and development

      Auteurs : Tuffery P.
      Publication : Le 10 Avril 2015 / in press
      Expert Opinion on Drug Discovery
      16
      MTiOpenScreen: a web server for structure-based virtual screening.

      Auteurs : Labbé C, Rey J, Lagorce D, Vavruša M, Becot J, Sperandio O, Villoutreix B, Tuffery P, Miteva M
      Publication : Le 03 Avril 2015
       Lien vers la publication en ligne (43(W1):W448-54)
      Nucleic Acids Research
      15
      FAF-Drugs3: a web-server for compound property calculation and chemical library design.

      Auteurs : Lagorce D, Sperandio O, Baell JB, Miteva MA, Villoutreix BO
      Publication : Le 03 Avril 2015
       Lien vers la publication en ligne (43(W1):W200-7)
      Nucleic Acids Research
      14
      Prediction of Structural Patterns of Interest from Protein Primary Sequence through Structural Alphabet: Illustration to ATP/GTP Binding Site Prediction

      Auteurs : Christelle Reynes, Leslie Regad , Robert Sabatier and Anne-Claude Camproux
      Publication : 2015
       Lien vers la publication en ligne (6:1 )
      Journal of Data Mining in Genomics and Proteomics
      13
      Synthetic Lethals in HIV: Ways to Avoid Drug Resistance

      Auteurs : Petitjean M., Badel A., Veitia R.A., Vanet A.
      Publication : 2015 / 10, 17.
      Biology Direct
      12
      A hot-spot of in-frame duplications activates the oncoprotein AKT1 in juvenile granulosa cell tumors

      Auteurs : L. Bessière, A.-L. Todeschini, A. Auguste, S. Sarnacki, D. Flatters, B. Legois, C. Sultan, N. Kalfa, L. Galmiche, R. Veitia
      Publication : 2015
       Lien vers la publication en ligne (2(5) : 421- 431)
      EBioMedicine
      11
      Computational investigations of hERG channel blockers: New insights and current predictive models.

      Auteurs : Villoutreix BO, Taboureau O.
      Publication : Le 11 Mars 2015
       Lien vers la publication en ligne (86:72-82)
      Adv Drug Deliv Rev
      10
      In silico design of low molecular weight protein-protein interaction inhibitors: overall concept and recent advances.

      Auteurs : Kuenemann MA, Sperandio O, Labbe CM, Lagorce D, Miteva MA, Villoutreix BO
      Publication : Le 05 Mars 2015
       Lien vers la publication en ligne (119(1):20-32.)
      Progress in Biophysics and Molecular Biology
      9
      Transcriptome profiling of brown adipose tissue during cold exposure reveals extensive regulation of glucose metabolism.

      Auteurs : Hao Q, Yadav R, Basse AL, Petersen S, Sonne SB, Rasmussen S, Zhu Q, Lu Z, Wang J, Audouze K, Gupta R, Madsen L, Kristiansen K, Hansen JB.
      Publication : Le 01 Mars 2015 / 308(5):E380-92
      Am J Physiol Endocrinol Metab.
      8
      Les chimiothèques ciblant les interactions protéine-protéine.

      Auteurs : Sperandio O, Villoutreix BO, Morelli X, Roche P
      Publication : Le 24 Février 2015 / Med Sci (Paris) 31, 311-318.
      Medecine Sciences
      7
      An exploration of the 3D chemical space has highlighted a specific shape profile for the compounds intended to inhibit protein-protein interactions

      Auteurs : Kuenemann M.A., Bourbon L.M., Labbé C.M., Villoutreix B.O., Sperandio O.
      Publication : Le 13 Février 2015
       Lien vers la publication en ligne (Volume 16 Suppl 3)
      BMC Bioinformatics
      6
      Functional characterization of two novel non-synonymous alterations in CD46 and a Q950H change in factor H found in atypical hemolytic uremic syndrome patients.

      Auteurs : Mohlin FC, Nilsson SC, Levart TK, Golubovic E, Rusai K, Muller-Sacherer T, Arbeiter K, Pallinger E, Szarvas N, Csuka D, Szilagyi A, Villoutreix BO, Prohaszka Z, Blom AM
      Publication : Le 11 Février 2015 / 65(2):367-76
      Molecular Immunology
      5
      Tampering with Cell Division by Using Small-Molecule Inhibitors of CDK-CKS Protein Interactions.

      Auteurs : Hamdi A, Lesnard A, Suzanne P, Robert T, Miteva MA, Pellerano M, Didier B, Ficko-Blean E, Lobstein A, Hibert M, Rault S, Morris MC, Colas P.
      Publication : Le 09 Février 2015
       Lien vers la publication en ligne (9;16(3):432-9.)
      ChemBioChem
      4
      The most chiral disphenoid.

      Auteurs : Petitjean M.
      Publication : Le 27 Janvier 2015 / 2015, 73[2], 375-384.
      MATCH Commun. Math. Comput. Chem.
      3
      DNA Damage-Induced Nuclear Translocation of Apaf-1 is Mediated by Nucleoporin Nup107.

      Auteurs : Jagot-Lacoussiere L, Faye A, Villoutreix B, Rain JC, Poyet JL.
      Publication : Le 27 Janvier 2015 / 14(8):1242-51
      Cell Cycle
      2
      Amino acid residues in the laminin G domains of protein S involved in tissue factor pathway inhibitor interaction.

      Auteurs : Somajo S, Ahnström J, Fernandez-Recio J, Gierula M, Villoutreix BO, Dahlback B.
      Publication : Le 05 Janvier 2015 / 113(5):976-87
      Thromb Haemost.
      1
      De novo peptide structure prediction: an overview.

      Auteurs : Thévenet P, Rey J, Moroy G, Tuffery P.
      Publication : Le 01 Janvier 2015
       Lien vers la publication en ligne (1268:1-13.)
      Methods Mol Biol
    • Publications de 2014

      26
      Tampering with cell division using small-molecule inhibitors of CDK-CKS protein interactions.

      Auteurs : A. Hamdi, A. Lesnard, P. Suzanne, T. Robert, M.A. Miteva, M. Pellerano, B. Didier, E. Ficko-Blean, A. Lobstein, M. Hibert, S. Rault, M.C. Morris, P.Colas
      Publication : Le 01 Décembre 2014 / 16(3):432-9
      ChemBioChem
      25
      Biosynthesis of the cyanobacterial neurotoxins anatoxin-a and homoanatoxin-a: From the genome to the metabolites

      Auteurs : A. Méjean, R. Mazmouz, G. Paci, K. Moncoq, L. Regad, A. Combes, V. Pichon, O. Ploux
      Publication : Le 01 Décembre 2014 / Volume 91, 1 December 2014, Pages 166-167
      Toxicon
      24
      Rational design of small-molecule stabilizers of spermine synthase dimer by virtual screening and free energy-based approach.

      Auteurs : Zhang Z, Martiny V, Lagorce D, Ikeguchi Y, Alexov E, Miteva MA
      Publication : Le 23 Octobre 2014
       Lien vers la publication en ligne (9(10):e110884)
      Plos ONE
      23
      BactPepDB: a database of predicted peptides from an exhaustive survey of complete prokaryote genomes

      Auteurs : Julien Rey, Patrick Deschavanne , Pierre Tuffery
      Publication : Le 09 Octobre 2014 / bau119.
      database
      22
      Which Three-Dimensional Characteristics Make Efficient Inhibitors of Protein-Protein Interactions?

      Auteurs : Kuenemann MA, Bourbon LM, Labbé CM, Villoutreix BO, Sperandio O.
      Publication : Le 06 Octobre 2014
       Lien vers la publication en ligne ((Web): October 6, 2014)
      J. Chem. Inf. Model.
      21
      Post-docking optimization of protein-ligand interactions involving water molecules.

      Auteurs : Jereva D, Pencheva T, Lagorce D, Desvillechabrol D, Pajeva I, Miteva MA
      Publication : Le 22 Septembre 2014
       Lien vers la publication en ligne ( 23(5)745-756)
      Asian J Physics
      20
      The CCA-end of P-tRNA contacts both the human RPL36AL and the A-site bound translation termination factor eRF1 at the peptidyl transferase center of the human 80S ribosome

      Auteurs : Codjo Hountondji, Konstantin Bulygin, Jean-Bernard Créchet, Anne Woisard, Pierre Tuffery, Jun-ichi Nakayama, Ludmila Frolova, Knud H. Nierhaus, Galina Karpova, and Soria Baouz
      Publication : Le 25 Août 2014 / 11;8:52-67.
      The open biochemistry journal
      19
      Improved PEP-FOLD approach for peptide and miniprotein structure prediction

      Auteurs : Yimin Shen , Julien Maupetit , Philippe Derreumaux , and Pierre Tuffery
      Publication : Le 20 Août 2014
       Lien vers la publication en ligne (43(13):4871-93.)
      J. Chem. Theory Comput.
      18
      VIRAPOPS2 Supports the Influenza Virus Reassortments

      Auteurs : Petitjean M., Vanet A.
      Publication : Le 17 Août 2014
       Lien vers la publication en ligne (9:18)
      Source Code Biol Med.
      17
      Discovery of novel inhibitors of vascular endothelial growth factor-A-Neuropilin-1 interaction by structure-based virtual screening.

      Auteurs : Starzec A, Miteva MA, Ladam P, Villoutreix BO, Perret GY.
      Publication : Le 01 Août 2014
       Lien vers la publication en ligne (1;22(15):4042-8)
      Bioorganic Medicinal Chemistry
      16
      A Medicago truncatula rdr6 allele impairs transgene silencing and endogenous phased siRNA production but not development.

      Auteurs : Bustos-Sanmamed P1, Hudik E, Laffont C, Reynes C, Sallet E, Wen J, Mysore KS, Camproux AC , Hartmann C, Gouzy J, Frugier F, Crespi M, Lelandais-Brière C.
      Publication : Le 24 Juillet 2014
       Lien vers la publication en ligne (in press)
      Plant Biotechnol J.
      15
      PEP-SiteFinder: a tool for the blind identification of peptide binding sites on protein surfaces.

      Auteurs : Adrien Saladin, Julien Rey, Pierre Thévenet, Martin Zacharias, Gautier Moroy and Pierre Tufféry
      Publication : Le 01 Juillet 2014
       Lien vers la publication en ligne (42(Web Server issue):W221-6.)
      Nucleic Acids Research
      14
      Imidazole-derived 2-N-carbamoylmethyl-alkylaminoacetic acids, substrate-dependent modulators of insulin-degrading enzyme in amyloid-β hydrolysis.

      Auteurs : Charton J, Gauriot M, Guo Q, Hennuyer N, Marechal X, Dumont J, Hamdane M, Pottiez V, Landry V, Sperandio O, Flipo M, Buee L, Staels B, Leroux F, Tang WJ, Deprez B, Deprez-Poulain R.
      Publication : Le 22 Mai 2014
       Lien vers la publication en ligne (79:184-93)
      European Journal of Medicinal Chemistry
      13
      Identification of small inhibitory molecules targeting the Bfl-1 anti-apoptotic protein that alleviate resistance to ABT737.

      Auteurs : Mathieu A.L., Sperandio O., Pottiez V., Balzarin S., Herledan A., Elkaim J.O., Fogeron M.L., Piveteau C., Dassonneville S., Deprez B., Villoutreix B.O.,Bonnefoy N. and Leroux F.
      Publication : 2014
       Lien vers la publication en ligne (19(7):1035-1046)
      Journal of Biomolecular Screening
      12
      Ligand Efficiency Driven Design of New Inhibitors of Mycobacterium tuberculosis Transcriptional Repressor EthR Using Fragment Growing, Merging, and Linking Approaches

      Auteurs : Villemagne B., Flipo M., Blondiaux N., Crauste C., Malaquin S., Leroux F., Piveteau C., Villeret V., Brodin P., Villoutreix B.O., Sperandio O., Soror S.H., Wohlkönig A., Wintjens R., Deprez B., Baulard A.R., Willand N.
      Publication : 2014
       Lien vers la publication en ligne (57(11):4876-88)
      J. Med. Chem.
      11
      Identification of odorant-receptor interactions by global mapping of the human odorome.

      Auteurs : Audouze K., Tromelin A., Le Bon A.M., Belloir C., Petersen R.K., Kristiansen K., Brunak S., Taboureau O.
      Publication : Le 29 Avril 2014
       Lien vers la publication en ligne ((4):e93037)
      Plos ONE
      10
      Identification of novel small molecule inhibitors of activated protein C.

      Auteurs : Sperandio O., Wildhagen K.C., Schrijver R., Wielders S., Villoutreix B.O., Nicolaes G.A.
      Publication : 2014
       Lien vers la publication en ligne (79:184-93)
      Thromb Res.
      9
      Solid-phase synthesis and biological evaluation of N-dipeptido L-homoserine lactones as quorum sensing activators.

      Auteurs : Hansen M.R., Le Quement S.T., Jakobsen T.H., Skovstrup S., Taboureau O., Tolker-Nielsen T., Givskov M., Nielsen TE.
      Publication : Le 10 Février 2014
       Lien vers la publication en ligne (15(3):460-5)
      ChemBioChem
      8
      Excitation/inhibition balance and learning are modified by Dyrk1a gene dosage

      Auteurs : Benoit Souchet, Fayçal Guedj, Ignasi Sahun, Arnaud Duchon, Fabrice Daubigney, Anne Badel, Yuchio Yanagawa, Maria Jose Barallobre, Mara Dierssen, Eugene Yu, Yann Herault, Mariona Arbones, Nathalie Janel, Nicole Creau.
      Publication : 2014 / 69:65-75
      Neurobiology of Disease Manuscript
      7
      Drug-Like Protein-Protein Interaction Modulators: Challenges and Opportunities for Drug Discovery and Chemical Biology.

      Auteurs : Villoutreix B.O., Kuenemann M.A., Poyet J.L., Bruzzoni-Giovanelli H., Labbe C., Lagorce D., Sperandio O., Miteva M.A.
      Publication : 2014
       Lien vers la publication en ligne (33(6-7):414-437)
      Molecular Informatics
      6
      The OPEP coarsegrained protein model: from single molecules, amyloid formation, role of macromolecular crowding and hydrodynamics to RNA/DNA complexes

      Auteurs : Fabio Sterpone, Simone Melchionna, Pierre Tufféry, Samuela Pasquali, Normand Mousseau, Tristan Cragnolini, Yassmine Chebaro, Jean-Francois Saint-Pierre, Maria Kalimeri, Alessandro Barducci, Yohan Laurin, Alex Tek,Marc Baaden, Phuong Hoang Nguyen, and Philippe Derreumaux
      Publication : 2014 / 43(13):4871-93.
      Chem. Soc. Rev.
      5
      Editorial: Chirality and Symmetry in the Chemical and PhysicalStructure of Matter.

      Auteurs : Borovkov V., Petitjean M.
      Publication : 2014
       Lien vers la publication en ligne (25[2]-53-54)
      Symm. Cult. Sci.
      4
      Rational design of small molecules targeting the C2 domain of coagulation factor VIII.

      Auteurs : Nicolaes G.A., Kulharia M., Voorberg J., Kaijen P.H., Wroblewska A., Wielders S., Schrijver R., Sperandio O., Villoutreix B.O.
      Publication : 2014
       Lien vers la publication en ligne (123(1):11320)
      Blood
      3
      VIRAPOPS: a Forward Simulator Dedicated to Rapidly Evolved Viral Populations

      Auteurs : Petitjean M., Vanet A.
      Publication : 2014
       Lien vers la publication en ligne (30[4]- 578580)
      Bioinformatics
      2
      Computing cavities, channels, pores and pockets in proteins from nonspherical ligands models.

      Auteurs : Benkaidali L., André F., Maouche B., Siregar P., Benyettou M., Maurel F., Petitjean M.
      Publication : 2014
       Lien vers la publication en ligne (30[6]- 792800)
      Bioinformatics
      1
      Fast protein fragment similarity scoring using a Binet-Cauchy Kernel.

      Auteurs : F. Guyon , P. Tufféry
      Publication : 2014
       Lien vers la publication en ligne (30 (6): 792-800)
      Bioinformatics
    • Publications de 2013

      23
      Structure of the prolyl-acyl carrier protein oxidase involved in thebiosynthesis of the cyanotoxin anatoxin-a.

      Auteurs : Moncoq K., Regad L., Mann S., Mejean A., Ploux O.
      Publication : 2013
       Lien vers la publication en ligne (D69 - 2340-2352)
      Acta Cryst. D.
      22
      Identification by in silico and in vitro screenings of small organic molecules acting as reversible inhibitors of kallikreins.

      Auteurs : Tana X., Bertonati C., Qina L., Furioc L., El Amria C., Hovnanian A., Reboud-Ravaux M., Villoutreix B.O.
      Publication : 2013
       Lien vers la publication en ligne (70:661-8)
      European Journal of Medicinal Chemistry
      21
      Detecting protein candidate fragments using a structuralalphabet profile comparison approach.

      Auteurs : Shen Y., Picord G., Guyon F., Tufféry P.
      Publication : 2013 / 8(11):e80493
      Plos ONE
      20
      Aggrecanase-2 inhibitors based on the acylthiosemicarbazide zinc-binding group.

      Auteurs : Maingot L., Elbakali J., Dumont J., Bosc D., Cousaert N., Urban A., Deglane G., Villoutreix B.O., Nagase H., Sperandio O., Leroux F., Deprez B., Deprez-Poulain R.
      Publication : 2013
       Lien vers la publication en ligne (69C:244-261)
      European Journal of Medicinal Chemistry
      19
      The effect of network biology on drug toxicology.

      Auteurs : Gautier L., Taboureau O., Audouze K.
      Publication : 2013
       Lien vers la publication en ligne (9(11):140918)
      Expert Opin Drug Metab Toxicol.
      18
      In silico mechanistic profiling to probe small molecule binding to sulfotransferases.

      Auteurs : Martiny V.Y., Carbonell P., Lagorce D., Villoutreix B.O., Moroy G., Miteva M.A.
      Publication : 2013
       Lien vers la publication en ligne (8(9):e73587)
      Plos ONE
      17
      Physico-chemical characterization of African urban aerosols (Bamako in Mali and Dakar in Senegal) and their toxic effects in human bronchial epithelial cells: description of a worrying situation.

      Auteurs : S. Val, C. Liousse, EH. Doumbia, C. Galy-Lacaux, H. Cachier, N. Marchand, A. Badel, E. Gardrat, A. Sylvestre, A. Baeza-Squiban
      Publication : 2013
       Lien vers la publication en ligne (10(1):10)
      Part Fibre Toxicol.
      16
      Advances in molecular modeling of human cytochrome P450 polymorphism.

      Auteurs : Martiny V.Y., Miteva M.A.
      Publication : 2013
       Lien vers la publication en ligne (425(21):397892)
      J. Mol. Biol.
      15
      Computational analysis of protein-protein interfaces involving an alpha helix: insights for terphenyl-like molecules binding.

      Auteurs : Isvoran A., Craciun D., Martiny V.Y., Sperandio O., Miteva M.A.
      Publication : 2013
       Lien vers la publication en ligne (14(1):31)
      BMC Pharmacol Toxicol.
      14
      Insights into an Original Pocket-Ligand Pair Classification: A Promising Tool for Ligand Profile Prediction

      Auteurs : Pérot S. , Regad L. , Reynès C., Sperandio O. , Miteva M.A., Villoutreix B.O., Camproux A-C.
      Publication : 2013
       Lien vers la publication en ligne (8(6):e63730)
      Plos ONE
      13
      One hundred thousand mouse clicks down the road: a compilation of online resources supporting drug discovery collected over a decade.

      Auteurs : Villoutreix B.O., Lagorce D., Labbé C.M., Sperandio O., Miteva M.A.
      Publication : 2013
       Lien vers la publication en ligne (18(21-22):10819)
      Drug Discovery Today
      12
      1,2,4-triazole derivatives as transient inactivators of kallikreins involved in skin diseases

      Auteurs : Tana X., Furio L., Reboud-Ravaux M., Villoutreix B.O., Hovnanian A., El Amri C.
      Publication : 2013
       Lien vers la publication en ligne (23(16):4547-51)
      Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters
      11
      Discovery of a Novel Selective PPARγ Ligand with Partial Agonist Binding Properties by Integrated in Silico/in Vitro Work Flow.

      Auteurs : Kouskoumvekaki I, Petersen R.K, Fratev F., Taboureau O., Nielsen T.E., Oprea T.I., Sonne S.B., Flindt E.N., Jónsdóttir S.Ó., Kristiansen K.
      Publication : 2013
       Lien vers la publication en ligne (53(4):92337)
      J. Chem. Inf. Model.
      10
      HExpoChem: a systems biology resource to explore human exposure to chemicals.

      Auteurs : Taboureau O., Jacobsen UP., Kalhauge C., Edsgärd D., Rigina O, Gupta R, Audouze K.
      Publication : 2013
       Lien vers la publication en ligne (29(9):12312)
      Bioinformatics
      9
      Post-docking Optimization and Analysis of Protein-Ligand Interactions of Estrogen Receptor Alpha using AMMOS Software.

      Auteurs : Pencheva T., Jereva D., Miteva M.A., Pajeva I.
      Publication : 2013
       Lien vers la publication en ligne (9(1):83-94)
      Curr Comput Aided Drug Design
      8
      iPPI-DB: A manually curated and interactive database of small non-peptide inhibitors of protein-protein interactions.

      Auteurs : Labbé C.M., Laconde G., Kuenemann M.A., Villoutreix B.O., Sperandio O.
      Publication : 2013
       Lien vers la publication en ligne (18(19-20):958-68)
      Drug Discovery Today
      7
      Molecular basis of coagulation factor V deficiency caused by the R1698W inter-domain mutation.

      Auteurs : Calzavarini S., Villoutreix B.O., Lunghi B., Livaja R., Bernardi F., Dahlbëack B.
      Publication : 2013
       Lien vers la publication en ligne (110(1):31-8)
      Thromb Haemost.
      6
      A rational free energy-based approach to understanding and targeting disease-causing missense mutations.

      Auteurs : Zhang Z., Witham S., Petukh M., Moroy G., Miteva M.A., Ikeguchi Y., Alexov E.
      Publication : 2013
       Lien vers la publication en ligne (20(4):643-51)
      J. Am. Med. Inform. Assoc.
      5
      Missense mutations in SLC26A8, encoding a sperm-specific activator of the Cystic Fibrosis Transmembrane conductance Regulator.

      Auteurs : Dirami T., Rode B., Jollivet M., Da Silva N., Escalier D., Gaitch N., Norez C., Tufféry P., Wolf J.P., Becq F., Ray P.F., Dulioust E., Gacon G., Bienvenu T., and Touré A.
      Publication : 2013
       Lien vers la publication en ligne (92(5):760-6)
      The American Journal of Human Genetics
      4
      1,2,4-Oxadiazoles identified by virtual screening and their non-covalent inhibition of the human 20S proteasome.

      Auteurs : Marechal X., Genin E., Qin L., Sperandio O., Montes M., Basse N., Richy N., Miteva M.A., Reboud-Ravaux M., Vidal J., Villoutreix B.O.
      Publication : 2013
       Lien vers la publication en ligne (20(18):2351-62)
      Current Medicinal Chemistry
      3
      Comparative analysis of interactions of RASSF1-10

      Auteurs : J.J. Chan, D. Flatters, F. Rodrigues-Lima, J. Yan, K. Thalassinos and M. Katan
      Publication : 2013
       Lien vers la publication en ligne (53(2):190-201)
      Advances in Biological Regulation
      2
      Identification of LasR Ligands through a Virtual Screening Approach.

      Auteurs : Skovstrup S, Le Quement ST, Hansen T, Jakobsen TH, Harmsen M, Tolker-Nielsen T, Nielsen TE, Givskov M, Taboureau O.
      Publication : 2013
       Lien vers la publication en ligne (8(1):15763)
      ChemMedChem
      1
      ChemProt-2.0: visual navigation in a disease chemical biology database.

      Auteurs : Kim Kjærulff S, Wich L, Kringelum J, Jacobsen UP, Kouskoumvekaki I, Audouze K, Lund O, Brunak S, Oprea TI, Taboureau O.
      Publication : 2013
       Lien vers la publication en ligne (41(D1): D464-D469)
      Nucleic Acids Research
    • Présentations Orales de 2016

      13
      Pharmacogenetics of Cytochrome P450: In silico prediction of the impact of amino acid variants of CYP2C9 for drug metabolism.

      Auteurs : Maxime Louet invited speaker

      Du 15 Novembre au 16 Octobre 2016
      Optimizing Leads and Predicting Drug Toxicity World Preclinical Congress Europe
      Lisbonne / Portugal
      12
      Bio and chemoinformatics studies of the discoidin domains: application to blood coagulation proteins.

      Auteurs : B Villoutreix invited speaker

      Le 26 Octobre 2016
      Université Pierre et Marie Curie CHU Pitié Salpêtrière
      Paris / France
      11
      Introduction to virtual screening: chemical compounds collections.

      Auteurs : Maria Miteva invited speaker

      Du 26 au 29 Septembre 2016
      Ecole thématique Modélisation et Dynamique Moléculaire GGMM
      Montpellier / France
      10
      In silico drug discovery: Opportunities for challenging targets

      Auteurs : Maria Miteva invited speaker

      Le 12 Septembre 2016
      Univ. Paris Descartes - Faculté de Pharmacie
      Paris / France
      9
      Structure based virtual screening to target protein-protein interactions.

      Auteurs : Maria Miteva invited speaker

      Du 22 au 26 Août 2016
      VIII Molecular Modeling and System Biology School
      Rio / Brazil
      8
      In silico approaches to study Cytochrome P450 pharmacogenetics.

      Auteurs : Maxime Louet invited speaker

      Le 07 Juillet 2016
      Current Trends in Chemoinformatics.
      Timisoara / Romania
      7
      Academic Drug Discovery : Opportunities for challenging targets.

      Auteurs : Maria Miteva invited speaker

      Le 07 Juillet 2016
      Current trends in chemoinformatics
      Timisoara / Romania
      6
      Design of Chemical Probes Acting on Emerging Targets Assisted by Online Computational Tools

      Auteurs : B Villoutreix invited speaker

      Du 06 Juillet au 08 Octobre 2016
      International Conference on Medicinal Chemistry - Interfacing chemical biology and drug discovery
      Caen / France
      5
      Computational methods to detect druggable sites on pharmaceutical targets

      Auteurs : Camproux A-C. invited speaker

      Du 06 au 10 Juin 2016
      Scientific School on Computational Modeling for Life Sciences
      Pula / Italy
      4
      PockDrug/PockDrug-Server

      Auteurs : Camproux A-C. , Abi Hussein H. invited speaker

      Du 06 au 10 Juin 2016
      Scientific School on Computational Modeling for Life Sciences
      Pula / Italy
      3
      Protein dynamics and drug design.

      Auteurs : M.Miteva

      Le 11 Mars 2016
      (invited)
      Ecole Normale Supérieure de Cachan / France
      2
      Integration d'approches bio et chemoinformatiques dans le processus de developpement des medicaments de demain.

      Auteurs : B Villoutreix invited speaker

      Le 20 Janvier 2016
      Academie nationale de Pharmacie, Paris, France
      Paris / France
      1
      The prospect of in silico toxicology.

      Auteurs : Audouze K. invited speaker

      Le 20 Janvier 2016
      8th Annual meeting of the danish society of pharmacology
      Odense / Denmark
    • Présentations Orales de 2015

      14
      Computer-aided drug design tools in drug discovery.

      Auteurs : Taboureau O. invited speaker

      Le 09 Novembre 2015
      Symposium Protéines membranaires - cibles thérapeutiques
      Paris / France
      13
      From Chemical biology databases to systems biology: What are the challenges?

      Auteurs : Taboureau O. invited speaker

      Du 02 au 03 Novembre 2015
      VII Spanish Drug Discovery Network Meeting
      Barcelona / Spain
      12
      Structure-based virtual screening to target protein-protein interactions by low molecular weight modulators.

      Auteurs : M.Miteva

      Le 28 Septembre 2015
      (invited)
      Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale Toulouse / France
      11
      In silico screening to discover inhibitors of protein-protein interactions targeting angiogenesis

      Auteurs : Maria Miteva invited speaker and Chair

      Du 25 au 27 Août 2015
      European Pharma Congress
      Valencia / Spain
      10
      3D characteristics of efficient protein-protein interactions inhibitors: A big data analysis

      Auteurs : Melaine A Kuenemann, Laura M. L. Bourbon, Céline M. Labbé, Bruno O. Villoutreix, Olivier Sperandio

      Du 16 au 20 Août 2015
      250th American Chemical Society National Meeting Exposition Boston
      Boston / United States
      9
      Introduction to structure-based virtual screening: challenges and opportunities for drug discovery

      Auteurs : Maria Miteva Invited Speaker

      Du 29 Juin au 03 Juillet 2015
      3rd Brazilian Molecular Modeling School
      UFABC Sao Paolo / Brazil
      8
      In silico approach to predict ADME-Tox properties of small organic molecules

      Auteurs : Maria Miteva Invited Speaker

      Du 29 Juin au 03 Juillet 2015
      3rd Brazilian Molecular Modeling School
      UFABC, Sao Paolo / Brazil
      7
      Programme d'analyse des séquences VIH en fonction de l'analyse ANRS.

      Auteurs : Vanet A., Petitjean M. invited speaker

      Le 15 Juin 2015
      Réunion NGS mixte AC11-33, INSERM
      Paris / France
      6
      Structure-based virtual screening to target protein-protein interactions.

      Auteurs : Maria Miteva Invited Speaker

      Le 01 Juin 2015
      Institut de Biologie Intégrative de la Cellule
      Paris Sud Orsay / France
      5
      PockDrug-Server: a new web server for predicting pocket druggability on holo and apo proteins

      Auteurs : Hiba Abi Hussein , Alexandre Borrel , Colette Geneix , Michel Petitjean , Leslie Regad , Anne-Claude Camproux

      Du 26 au 28 Mai 2015
      19ème congrès du Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire (GGMM) et 4ème congrès du GT-Enzyme
      Sète / France
      4
      Invited speaker: In Silico Prediction of Peptide Structure and Peptide-Protein Interactions: Where are We?

      Auteurs : Tufféry P

      Du 25 au 28 Avril 2015
      PEP-Con 2015
      Nanjing / China
      3
      Which Three-Dimensional Characteristics Make Efficient Inhibitors of Protein-Protein Interactions?

      Auteurs : Kuenemann M Best oral presentation award

      Du 04 au 06 Février 2015
      22nd Young Research Fellows Meeting S.C.T
      Romainville / France
      2
      invited speaker: Design rationnel de petites molécules chimiques non peptidiques modulatrices d'interactions protéine-protéine.

      Auteurs : Bruno Villoutreix

      Le 02 Février 2015
      Colloque Therapeutic innovation - chaire Liliane Bettencourt du Prof B. Meunier
      Paris / France
      1
      Recherche de nouveaux agents thérapeutiques par criblage virtuel

      Auteurs : Invited speaker - Miteva M.A.

      Le 29 Janvier 2015
      Rencontres Bioclub Sup Biotech
      Villejuif / France
    • Présentations Orales de 2014

      18
      In silico approach to predict ADME-Tox properties of small organic molecules: challenges and opportunities for drug discovery

      Auteurs : Invited speaker Miteva M.A

      Du 08 au 10 Décembre 2014
      International Conference on Medicinal Chemistry and Computer Aided Drug
      San Francisco / United States
      17
      Systems chemical biology: an example with olfactive compound

      Auteurs : Karine Audouze

      Le 02 Décembre 2014
      Journée scientifique UFR Sciences du Vivant , Université Paris Diderot
      Paris / France
      16
      PockDrug: a new pocket druggability prediction able to overcome pocket uncertainties

      Auteurs : Borrel A. , Regad L. , Xhaard H., Petitjean M. , Camproux A.C.

      Du 24 au 27 Novembre 2014
      ISB winter school 2014
      Levi / Finland
      15
      Structure-based virtual screening: challenges and opportunities for drug discovery.

      Auteurs : Invited speaker Miteva M.A

      Le 14 Octobre 2014
      Bulgarian Academy of Sciences, Institute of Biophysics (plenary lecture)
      Sofia / Bulgaria
      14
      invited speaker: Design rationnel de modulateurs non-peptidiques d'interactions proteine-proteine en associant les approches silico et vitro

      Auteurs : Bruno Villoutreix

      Du 22 au 23 Septembre 2014
      Colloque Therapeutic innovation - ITMO Circulation Métabolisme Nutrition et Technologie pour la Santé.
      Nantes / France
      13
      Which Three-Dimensional Characteristics Make Efficient Inhibitors of Protein-Protein Interactions ?

      Auteurs : Kuenemann M Best oral presentation award

      Le 06 Septembre 2014
      ESCS 2014
      Strasbourg / France
      12
      Druggability prediction performances related to different pocket estimations

      Auteurs : Borrel A. , Regad L. , Xhaard H., Petitjean M. , Camproux A.C.

      Du 23 au 27 Juin 2014
      Summer school in chemoinformatic
      Strasbourg / France
      11
      invited speaker: Small molecule protein-protein interaction modulators: challenges and opportunities for drug discovery.

      Auteurs : Bruno Villoutreix

      Du 23 au 27 Juin 2014
      4th International Summer School on Chemoinformatics
      Strasbourg / France
      10
      A journey into the chemical space of Protein-Protein interaction inhibitors

      Auteurs : Sperandio O

      Du 11 au 12 Juin 2014
      Applying Chemical Tools to Study Biology
      Anvers / Belgium
      9
      An exploration of the 3D chemical space has highlighted a shape profile for the compounds intented to orthosterically inhibit protein-protein interactions

      Auteurs : Kuenemann M

      Du 01 au 05 Juin 2014
      10th International Conference on Chemical Structures
      Noordwijkerhout / Netherlands
      8
      iPPIDB A User Friendly Web Application to Query a Database of Protein Protein Interactions Inhibitors

      Auteurs : Labbé C.

      Du 20 au 21 Mai 2014
      Chemaxon UGM (User Group Meeting)
      Budapest / Hungary
      7
      An Exploration of the 3D Chemical Space has Highlighted a Shape Profile for the Compounds Intended to Orthosterically Inhibit Protein-Protein Interactions

      Auteurs : Sperandio O

      Du 08 au 09 Mai 2014
      GTC Drug Design And Medicinal Chemistry
      Berlin / Germany
      6
      invited speaker: Design of small non-peptidic molecules targeting protein-protein interactions.

      Auteurs : Bruno Villoutreix

      Du 28 au 29 Avril 2014
      GP2A Conference
      Nantes / France
      5
      Invited speaker : Recherche de sondes chimiques anti- et pro-coagulantes en associant le criblage in silico et in vitro.

      Auteurs : Bruno Villoutreix

      Du 24 au 25 Avril 2014
      Printemps de la Cardiologie
      Strasbourg - Palais des Congrès / France
      4
      Criblage in silico de molécules à visée thérapeutique: approche et ’Success stories’

      Auteurs : Miteva M.A.

      Le 18 Mars 2014
      SSATT idfinnov - Rencontres Chimie-Biologie
      Paris / France
      3
      Exploring a sub-optimal Hidden Markov Model sampling approach for de novo peptide structure modeling.

      Auteurs : P. Thevenet and P. Tuffery

      Du 03 au 06 Mars 2014
      Biostec 2014
      Angers / France
      2
      In Silico Structure-based Approach for ADMET Prediction: Mechanistic Insights from Probing Small Molecule Binding to Metabolizing Enzymes

      Auteurs : Miteva M.A..

      Du 18 au 19 Février 2014
      SELECTBIO congres "ADME & Predictive Toxicology"
      Barcelona / Spain
      1
      Fast and accurate peptide de novo structure modelling: from conformations in solution to conformations in complexes?

      Auteurs : P. Thevenet and P. Tuffery

      Du 10 au 11 Février 2014
      BPGM: Belgian Peptide Group Meeting
      Ghent / Belgium
    • Présentations Orales de 2013

      20
      Comparative analysis of ATP-binding sites of type II topoisomerase: Preliminary studies for the development of M. tuberculosis DNA gyrase inhibitors

      Auteurs : Leslie REGAD & Claudine Mayer

      Le 03 Décembre 2013
      Journée Scientifique de l’UFR Sciences du Vivant Université Paris Diderot
      Paris / France
      19
      Toward a generation of drug-like inhibitors of protein-protein interactions

      Auteurs : Sperandio O.

      Le 20 Novembre 2013
      Institut de Recherche Servier
      Croissy sur Seine / France
      18
      Toward a generation of drug-like inhibitors of protein-protein interactions

      Auteurs : Kuenemann M., Labbé C.M., Lagorce D., Miteva M.A., Villoutreix B.O., Sperandio O.

      Du 10 au 11 Novembre 2013
      6èmes journées de la Société Française de Chemoinformatique (SFCi)
      Inria Nancy Grand Est - LORIA / France
      17
      In-silico prediction of P450 cytochromes substrates through virtualscreening and geometric modeling of active site access channels. - Best talk award.

      Auteurs : Benkaidali L., André F., Maurel F., Petitjean M.

      Du 10 au 11 Novembre 2013
      6èmes journées de la Société Française de Chemoinformatique (SFCi)
      Inria Nancy Grand Est - LORIA / France
      16
      The Chiral Index: Applications to Multivariate Distributions and to 3Dmolecular graphs.

      Auteurs : Petitjean M.

      Du 25 au 27 Septembre 2013
      SOR 2013
      Dolenjske Toplice / Slovenia
      15
      Chair-woman : Biologie Structurale

      Auteurs : Camproux A-C.

      Du 01 au 04 Juillet 2013
      JOBIM 2013 (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques)
      Toulouse / France
      14
      Chairman, Upcoming Anticoagulants

      Auteurs : Villoutreix B.O.

      Le 01 Juillet 2013
      The International Society on Thrombosis and Haemostasis (ISTH) World congress
      Amsterdam / Netherlands
      13
      Invited spearker: Rational design of future low molecular weight anticoagulant medications: can we get assistance from novel computational drug discovery methods?

      Auteurs : Villoutreix B.O.

      Le 01 Juillet 2013
      The International Society on Thrombosis and Haemostasis (ISTH) World congress
      Amsterdam / Netherlands
      12
      Targeting of the tenase complex by rational design of factor VIII-membrane interaction inhibitors

      Auteurs : Gerry A.F. Nicolaes, Oliver Sperandio, Jan Voorberg, Mahesh Kulharia, Aleksandra Wroblewska, Simone Wielders, Roy Schrijver and Bruno O. Villoutreix.

      Du 03 au 06 Juin 2013
      Drug Discovery & Therapy World Congree
      Boston / United States
      11
      Invited spearker : Introduction to virtual screening and in silico drug design.

      Auteurs : Miteva M.A.

      Du 25 au 27 Mai 2013
      CSB 2013 « 20 Years Structural Biochemistry at Karolinska Institutet NOVUM, the past and the future »
      Stockholm / Sweden
      10
      PEP-FOLD, une approche de prédiction de novo de peptides linéaires et cyclisés par des ponts disulfures.

      Auteurs : Thévenet P., Shen Y., Maupetit J., Guyon F., Derreumaux P., Tufféry P.

      Du 21 au 23 Mai 2013
      Groupe de Graphisme et de Modélisation Moléculaire (GGMM 2013)
      Saint-Pierre d’Oléron / France
      9
      Characterization of pocket-ligand interactions in the perspective of prediction of drug side effect

      Auteurs : Regad L., Taboureau O., Camproux A-C.

      Du 21 au 23 Mai 2013
      Groupe de Graphisme et de Modélisation Moléculaire (GGMM 2013)
      Saint-Pierre d’Oléron / France
      8
      Two PEP-FOLD upgrades: disulfide bridges and inter-domain protein linkers.

      Auteurs : P. Thevenet, Y. Shen, J. Maupetit, F. Guyon, P. Derreumaux and P. Tuffery

      Du 21 au 23 Mai 2013
      Groupe de Graphisme et Modélisation moléculaire
      Saint-Pierre d Oléron / France
      7
      Invited spearker : Predicting ligand interactions with metabolizing enzymes: an in silico structure-based approach.

      Auteurs : Miteva M.A.

      Du 20 au 24 Avril 2013
      Annual meeting of the American Society for Pharmacology and Experimental Therapeutics (ASPET)
      Boston / United States
      6
      What compounds for what PPI target?

      Auteurs : Sperandio O.

      Du 17 au 18 Avril 2013
      Sixth Annual meeting Protein-Protein Interactions - Targeting PPI for therapeutic interventions
      San Diego CA / United States
      5
      Invited spearker : Structure-based approach for ADMET prediction

      Auteurs : Miteva M.A.

      Le 16 Avril 2013
      Clemson University
      Clemson / United States
      4
      Pharmacological profiling of drugs by linking chemoinformatics and bioinformatics data

      Auteurs : Taboureau O.

      Du 07 au 11 Avril 2013
      ACS national meeting
      New Orleans / United States
      3
      Chairman, Protein-protein interactions: new perspectives

      Auteurs : Villoutreix B.O.

      Le 01 Avril 2013
      1st SCT international Workshop on Biologically Relevant Molecular Diversity
      Maison de la Chimie - Paris / France
      2
      In silico mechanistic approach to probe drug-like molecules binding to sulfotransferases.

      Auteurs : Martiny V.Y., Moroy G., Villoutreix B.O., Miteva M.A.

      Du 07 au 08 Février 2013
      XXème journée des jeunes chercheurs S.C.T
      Romainville / France
      1
      What compounds for what PPI target?

      Auteurs : Sperandio O.

      Le 01 Janvier 2013
      University of Dusselforf
      Dusselforf / Germany
    • Posters de 2016

      2
      Bioinformatic analysis of The HIV-2 protease deformation involved by inhibitor binding from a set of crystal structures

      Auteurs : L. Regad , D. Triki , M. Cano , D. Flatters , B. Visseaux, D. Descamps, AC. Camproux

      Du 04 au 05 Octobre 2016
      ANRS international research symposium, Institut Pasteur
      Paris / France
      1
      Study of natural resistance mechanisms of HIV protease-2 (PR2) against protease inhibitor (PI) using bioinformatics tools

      Auteurs : D. Triki , T. Billot , B. Visseaux, D. Descamps, AC. Camproux , L. Regad

      Du 04 au 05 Octobre 2016
      ANRS international research symposium, Institut Pasteur
      Paris / France
    • Posters de 2015

      12
      Validation and application of PockDrug-server, a web server for predicting pocket druggability

      Auteurs : Hiba ABI HUSSEIN, Alexandre BORREL, Colette GENEIX, Michel PETITJEAN, Leslie REGAD, Delphine FLATTERS, Anne-Claude CAMPROUX

      Du 08 au 09 Octobre 2015
      7ème journées de la Société Française de Chemoinformatique (SFCi)
      Nice / France
      11
      Assessment of some pesticides interactions with human cytochrome P450: CYP2C8, CYP2C9 and CYP2C19 by molecular docking approach.

      Auteurs : A.Ciorsac, D. Vladoiu, C. Fagnen, M. Louet, MA. Miteva, A.Isvoran

      Du 24 au 27 Août 2015
      The 9th International Conference of the Balkan Physical Union
      Istanbul / Turkey
      10
      On the Interest of Semi Supervised Approaches with Spatial Dependence in Structural Alphabet Encoding

      Auteurs : Ikram Allam, Delphine Flatters, Leslie Regad, Anne-Claude Camproux, and Grégory Nuel

      Du 10 au 14 Juillet 2015
      ISMB-ECCB 2015 (23rd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology)
      Dublin / Ireland
      9
      A Tool initiating a drug-design pipeline: PockDrug-server, a web server to predict pocket druggability

      Auteurs : Hiba ABI HUSSEIN, Alexandre BORREL, Colette GENEIX, Michel PETITJEAN, Leslie REGAD, Anne-Claude CAMPROUX

      Du 10 au 14 Juillet 2015
      ISMB-ECCB 2015 (23rd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology)
      Dublin / Ireland
      8
      Identification of new regulators involved in nodule senescence in Medicago Truncatula

      Auteurs : Théophile Kazmierczak, Colette Geneix, Florian Frugier, Anne-Claude Camproux, Véronique Gruber

      Du 06 au 09 Juillet 2015
      JOBIM 2015 (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques)
      Clermont-Ferrand / France
      7
      PockDrug-Server : a web server for predicting pocket druggability

      Auteurs : Hiba ABI HUSSEIN, Alexandre BORREL, Colette GENEIX, Michel PETITJEAN, Leslie REGAD, Anne-Claude CAMPROUX

      Du 06 au 09 Juillet 2015
      JOBIM 2015 (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques)
      Clermont-Ferrand / France
      6
      Salt bridges in protein ligand interactions

      Auteurs : Borrel Alexandre , Regad Leslie, Camproux Anne-Claude, and Xhaard Henri

      Du 06 au 09 Juillet 2015
      JOBIM 2015 (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques)
      Clermont-Ferrand / France
      5
      On the Interest of Semi-Supervised Approaches with Spatial Dependence in Structural Alphabet Encoding

      Auteurs : Ikram Allam, Delphine Flatters, Leslie Regad, Anne-Claude Camproux, and Grégory Nuel

      Du 06 au 09 Juillet 2015
      JOBIM 2015 (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques)
      Clermont-Ferrand / France
      4
      Computational analysis of the Gibberrellin signalling in moss

      Auteurs : Anne Badel, Juliet Coates, Brian C. King, Henrik T. Simonson and Olivier Taboureau

      Du 06 au 09 Juillet 2015
      JOBIM 2015 (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques)
      Clermont-Ferrand / France
      3
      SA conf : un outil d'analyse et de comparaison de la variabilité de séquence et de structure d'un ensemble de conformères d'une protéine

      Auteurs : Leslie Regad, Jean-Baptiste Chéron, Caroline Senac, Delphine Flatters, Anne-Claude Camproux

      Du 06 au 09 Juillet 2015
      JOBIM 2015 (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques)
      Clermont-Ferrand / France
      2
      SA-conf : un outil d'analyse et de comparaison de la variabilité de séquence et de structure d'un ensemble de conformères d'une protéine

      Auteurs : Leslie Regad, Jean-Baptiste Chéron, Caroline Senac, Delphine Flatters, Anne-Claude Camproux

      Du 26 au 28 Mai 2015
      19ème congrès du Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire (GGMM) et 4ème congrès du GT-Enzyme
      Sète / France
      1
      Phosphate and ribose structural isosteric replacement in the Protein Data Bank

      Auteurs : Zhang Y., Borrel A., Regad L., Camproux A.C., Boije Af Gennäs G., Yli- Kauhaluoma J. and Xhaard H.

      Du 04 au 06 Février 2015
      XXII ème journée des jeunes chercheurs SCT
      Romainville / France
    • Posters de 2014

      9
      Phosphate and ribose structural isosteric replacement in the Protein Data Bank

      Auteurs : Yuezhou Zhang, Alexandre Borrel, Leslie Regad, Anne-Claude Camproux, Gustav Boije Af Gennäs, Jari Yli-Kauhaluoma and Henri Xhaard

      Du 07 au 10 Septembre 2014
      ECCB 14, the 13th European Conference on Computational Biology
      Strasbourg / France
      8
      Druggability prediction performances related to different pocket estimations

      Auteurs : Alexandre Borrel, Leslie Regad, Henri Xhaard, Michel Petitjean and Anne-Claude Camproux

      Du 07 au 10 Septembre 2014
      ECCB 14, the 13th European Conference on Computational Biology
      Strasbourg / France
      7
      Effects of the pocket estimation algorithms in one pocket-ligand complex classification

      Auteurs : Géraldine Caumes, Hiba Abi Hussein, Jean-Baptiste Chéron, Anne-Claude Camproux and Leslie Regad

      Du 07 au 10 Septembre 2014
      ECCB 14, the 13th European Conference on Computational Biology
      Strasbourg / France
      6
      PatchSearch: a new method for surface patch comparison in proteins.

      Auteurs : RASOLOHERY I., DAOUD I., TUFFÉRY P., MOROY G., GUYON F.

      Du 07 au 11 Septembre 2014
      The 13th European Conference on Computational Biology - ECCB2014
      Strasbourg / France
      5
      Druggability prediction performances related to different pocket estimations (Strasbourg Summer School )

      Auteurs : Alexandre Borrel, Leslie Regad, Henri Xhaard, Michel Petitjean and Anne-Claude Camproux

      Du 23 Juin au 27 Septembre 2014
      Chemoinformatics Strasbourg Summer School
      Strasbourg / France
      4
      Exploration of the 3D chemical space of inhibitors of protein-protein interactions

      Auteurs : Kuenemann M

      Du 23 au 27 Juin 2014
      Chemoinformatics Strasbourg Summer School
      Strasbourg / France
      3
      Exploration of the 3D chemical space of inhibitors of protein-protein interactions.

      Auteurs : Kuenemann M

      Du 29 au 30 Avril 2014
      Journées Scientifiques Ecole Doctorale MTCI
      Paris / France
      2
      Salt bridges in protein-ligand interactions

      Auteurs : Borrel A., Regad L., Camproux A-C., Xhaard H.

      Du 18 au 22 Avril 2014
      Spring School in Computational Chemistry
      Espoo / Finland
      1
      PatchSearch: a new method for patch recognition in peptide-protein interactions.

      Auteurs : RASOLOHERY I., TUFFÉRY P., MOROY G., GUYON F.

      Du 10 au 11 Février 2014
      The 2014 Belgian Peptide Group Meeting.
      Ghent / Belgium
    • Posters de 2013

      21
      Salt bridges in protein-ligand interactions

      Auteurs : Borrel A., Regad L., Camproux A-C., Xhaard H.

      Du 09 au 12 Décembre 2013
      Winter School - National Doctoral Programme in Informational and Structural Biology (ISB)
      Saariselkä / Finland
      20
      An upgrade of PEP-FOLD for the prediction of disulfide bridge cyclised and linear peptides.

      Auteurs : P. Thevenet, Y. Shen, J. Maupetit, F. Guyon, P. Derreumaux and P. Tuffery

      Du 01 au 05 Décembre 2013
      Second Zing Protein and RNA Structure Prediction Conference.
      Playa del Carmen / Mexico
      19
      Prédiction d’interactions de molécules « drug-like » avec des enzymes du métabolisme: une approche mécanistique in silico

      Auteurs : Martiny V.Y., Chevillard F., Moroy G., Vayer Ph., Villoutreix B.O., Miteva M.A.

      Du 10 au 11 Octobre 2013
      6ièmes journée de la SFCI (10-11 Octobre 2013)
      Nancy / France
      18
      The FAF-Drugs2 server: a multi-step engine to prepare electronic chemical compound collections and to evaluate hit compounds

      Auteurs : Lagorce D., Sperandio O., Miteva M.A., Villoutreix B.O.

      Du 10 au 11 Octobre 2013
      6ièmes journée de la SFCI (10-11 Octobre 2013)
      Nancy / France
      17
      Comparison of the inhibitor-binding sites of type II topoisomerase

      Auteurs : Jean-Baptiste Chéron, Alexandre Borrel, Michel Petitjean, Claudine Mayer, Anne-Claude Camproux, Leslie Regad

      Du 10 au 11 Octobre 2013
      6ièmes journée de la SFCI (10-11 Octobre 2013)
      Nancy / France
      16
      Understanding the 3D characteristics of the PPI chemical space.

      Auteurs : Kuenemann M.A., Bourbon L.M.L., Labbé C.M., Sperandio O.

      Du 10 au 11 Octobre 2013
      6ièmes journée de la SFCI (10-11 Octobre 2013)
      Nancy / France
      15
      iPPI-DB : a manually curated and interactive database of small non-peptide inhibitors of protein-protein interactions.

      Auteurs : Céline M. Labbé, Guillaume Laconde, Mélaine A. Kuenemann, Bruno O. Villoutreix, Olivier Sperandio

      Du 10 au 11 Octobre 2013
      6ièmes journée de la SFCI (10-11 Octobre 2013)
      Nancy / France
      14
      Understanding the 3D characteristics of the PPI chemical space.

      Auteurs : Kuenemann M.A., Bourbon L.M.L., Labbé C.M., Sperandio O.

      Du 03 au 05 Juillet 2013
      RICT 2013
      Nice / France
      13
      Bases structurales de l’activité oxydase de la flavoprotéine AnaB impliquée dans la biosynthèsede la cyanotoxine anatoxine-a.

      Auteurs : Karine Moncoq, Leslie Regad, Stéphane Mann, Annick Méjean, Olivier Ploux

      Du 02 au 05 Juillet 2013
      AFC 2013
      Bordeaux / France
      12
      Druggability pocket prediction from apo and holo proteins.

      Auteurs : Borrel A., Regad L., Xhaard H., Petitjean M., Camproux A.C.

      Du 01 au 04 Juillet 2013
      JOBIM 2013 (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques)
      Toulouse / France
      11
      Modeling the pocket-ligand pairs space in a perspective of a better characterisationof the protein-ligand interactions.

      Auteurs : Regad L., Flatters D., Geneix C., Camproux A.C.

      Du 01 au 04 Juillet 2013
      JOBIM 2013 (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques)
      Toulouse / France
      10
      Computational analysis of protein-protein interactions involving an alpha helix and their inhibition by small molecular weight mimetics.

      Auteurs : Isvoran A., Craciun D., Martiny V.Y., Ciorsac A., Sperandio O., Miteva M. A.

      Du 13 au 16 Juin 2013
      12th National Conference on Biophysics«CNB 2013» - Biophysics for Health
      Iaşi / Romania
      9
      HExpoChem: a systems biology resource to explore human exposure to chemicals

      Auteurs : Taboureau O., Jacobsen UP., Kalhauge C., Edsgärd D., Rigina O., Ramneek G., Audouze K.

      Du 28 au 31 Mai 2013
      COW workshop 2013
      Copenhagen / Netherlands
      8
      PEP-FOLD, a de novo approach for the prediction of the structure of linear and disulfide bridge cyclised peptide.

      Auteurs : Thévenet P., Shen Y., Maupetit J., Guyon F., Derreumaux P., Tufféry P.

      Du 26 au 31 Mai 2013
      XVIIIème congrès du Groupe Français des Peptides et des Protéines
      Sète / France
      7
      PEP-FOLD, a de novo approach for the prediction of the structure of linear and disulfide bridge cyclised peptides.

      Auteurs : P. Thevenet, Y. Shen, J. Maupetit, F. Guyon, P. Derreumaux and P. Tuffery

      Du 26 au 31 Mai 2013
      GFPP: Groupe Français des Peptides et Protéines
      Sète / France
      6
      Identification des modes d’interaction entre ADAMTS1 et des peptides dérivant de LAP-TGFb.

      Auteurs : Laurent M.A., Theret N., Tufféry P., Moroy G.

      Du 21 au 23 Mai 2013
      Groupe de Graphisme et de Modélisation Moléculaire (GGMM 2013)
      Saint-Pierre d’Oléron / France
      5
      Structural analysis of B cell epitopes and protein binding pockets

      Auteurs : Kringelum, Taboureau O. and Lund O.

      Du 07 au 10 Avril 2013
      RECOMB 2013
      Beijing / China
      4
      Syndrome: Rescuing the Disease-Causing Effect of G56S mutant by Small Molecule Binding.

      Auteurs : Zhang Z., Martiny V.Y., Lagorce D., Alexov E., Miteva M.A.

      Du 18 au 22 Mars 2013
      March Meeting of The American Physical Society
      Baltimore / United States
      3
      Navigating the chemical space of protein-protein interactions inhibitors. Which chemical compounds for which PPI targets ?

      Auteurs : Kuenemann M.A., Labbé C.M., Laconde G., Sperandio O.

      Du 07 au 08 Février 2013
      Best poster award - XXème journée des jeunes chercheurs S.C.T
      Romainville / France
      2
      Statistical models predicting the «druggability» of protein pockets

      Auteurs : Borrel A., Regad L., Xhaard H., Petitjean M., Camproux A.C.

      Du 07 au 08 Février 2013
      XXème journée des jeunes chercheurs S.C.T
      Romainville / France
      1
      Exploration of the chemical space of inhibitors of protein-protein interactions

      Auteurs : Kuenemann M

      Du 07 au 08 Février 2013
      XXème Young Research Fellows Meeting S.C.T
      Romainville / France
    • Chapitres de livre de 2015

      5
      In silico approaches assisting the rational design of low molecular weight protein-protein interaction modulators.

      Auteurs : Bruno Villoutreix, Melaine A. Kuenemann, David Lagorce, Olivier Sperandio, Maria A. Miteva.
      Parution : 2015 In Silico Drug Discovery and Design. Theory, Methods, Challenges, and Applications - August 26, 2015 - ISBN 9781482217834 (CRC Press)
      4
      Strategies in the Search for New Lead Compounds or Original Working Hypotheses.

      Auteurs : Camille Wermuth, Bruno Villoutreix, Serge Grisoni, Anne Olivier et Jean-Philippe Rocher.
      Parution : 2015 The Practice of Medicinal Chemistry - in press (Academic Press)
      3
      Application Strategies for the Primary Structure-Activity Relationship Exploration.

      Auteurs : Camille Wermuth, Serge Grisoni, Bruno Villoutreix et Jean-Philippe Rocher.
      Parution : 2015 The Practice of Medicinal Chemistry - in press (Academic Press)
      2
      System Biology : a new paradigm for drug discovery

      Auteurs : H. Abi Hussein, A. Borrel, L. Regad, D. Flatters, A. Badel, C. Geneix, M. Petitjean, A.-C. Camproux and O. Taboureau
      Parution : 2015 The Practice of Medicinal Chemistry, Fourth Edition - 17 Jul 2015 - ISBN : 9780124172050 (C.-G. Wermuth, D. Aldous, P. Raboisson and D. Rognan (Academic Press))
      1
      Exposure to perfluorononanoic acid combined with a low-dose mixture of 14 human-relevant compounds disturbs energy/lipid homeostasis in rats

      Auteurs : Kasper Skov , Kristine Kongsbak , Niels Hadrup, Henrik Lauritz Frandsen, Terje Svingen, Jørn Smedsgaard, Karine Audouze , Aron Charles Eklund, Anne Marie Vinggaard
      Parution : 2015 Metabolomics - Volume 11, Issue 5, pp 1451-1464 (Springer)
    • Chapitres de livre de 2013

      3
      The Chiral Index: Applications to Multivariate Distributions and to 3D molecular graphs.

      Auteurs : Petitjean M.
      Parution : 2013 Proceedings of 12th International Symposium on Operational Research in Slovenia, SOR'13, Dolenjske Toplice, Slovenia - pp. 11-16 (L. Zadnik Stirn, J. Zerovnik, J. Povh, S. Drobne, A. Lisec, Eds. Slovenian Society INFORMATIKA (SDI), Section for Operations Research (SOR)editions)
      2
      Chemoinformatic and chemogenomic approach to ADMET.

      Auteurs : Martiny V., Pajeva I., Wiese M., Davis A., Miteva M.A.
      Parution : 2013 «Predictive ADMET: Integrated approaches in Drug Discovery and Development» - in press (John Wiley and Sons, Inc., Eds. J. Wang and L. Urban)
      1
      Spheres Unions and Intersections and some of their Applications in Molecular Modeling.

      Auteurs : Petitjean M.
      Parution : 2013 Distance Geometry Problems and Applications to Molecular Conformation and Sensor Networks - chap. 4, pp. 61-83 (A. Mucherino, C. Lavor, L. Liberti, and N. Maculan, editors)
  • Le laboratoire a actuellement 5 brevets :

    1
    COMPOUNDS TARGETING THE BFL-1 ANTI-APOPTOTIC PROTEIN AND USES THEREOF FOR THE TREATMENT OF CANCER.

    Inventeurs : BONNEFOY-BERARD N; DEPREZ B; SPERANDIO O; DEBAUD AL; VILLOUTREIX Bruno; LEROUX F.
    Numéro de brevet : WO/2014/EP77041 2014-12-09
    2
    MOLECULES INHIBITING A METABOLIC PATHWAY INVOLVING THE SYK PROTEIN TYROSINE KINASE AND METHOD FOR IDENTIFYING SAID MOLECULES.

    Inventeurs : DARIAVACH Piona ; MARTINEAU Pierre,Emile,Ulysse ; VILLOUTREIX Bruno
    Numéro de brevet : WO/2009/133294 and European Patent Office, Feb 25, 2015 number 2285366
    3
    PIPERAZINES DERIVATIVES AS PROTEASOME MODULATORS.

    Inventeurs : VILLOUTREIX Bruno; REBOUD-RAVAUX Michèle; BASSE Nicolas; VIDAL Joëlle; MONTES Matthieu
    Numéro de brevet : WO/2010/001366
    4
    NITROGEN HETEROCYCLE DERIVATIVES AS PROTEASOME MODULATORS.

    Inventeurs : VILLOUTREIX Bruno; REBOUD-RAVAUX Michèle; BASSE Nicolas; VIDAL Joëlle; MONTES Matthieu
    Numéro de brevet : WO/2010/001365
    5
    USE OF DERIVATIVES OF 3-OXO-2,3-DIHYDRO-5H-THIAZOLOF[3,2-A]PYRIMIDINE OR OF 3-OXO-2,3-DIHYDRO-5H-SELENAZOLO[3,2-A]PYRIMIDINE OR OF 3-OXO-1,2,3-TRIHYDRO-5H-IMIDAZOLO[1,2-A]PYRIMIDINE FOR THE PREPARATION OF PHARMACEUTICAL COMPOSITIONS INTENDED FOR THE TREATMENT OF CANCER.

    Inventeurs : GARBAY Christiane; VILLOUTREIX Bruno; BRAUD Emmanuelle; GODDARD Mary-Lorène; KOLB Stéphanie; MITEVA Maria
    Numéro de brevet : WO/2008/149311
Molécules Thérapeutiques in silico (MTi)
Université Paris Diderot - Inserm UMR-S 973
Bât Lamarck A, 4e et 5e étage , Courrier 7113
35 Rue Hélène Brion
75205 PARIS CEDEX 13

Secrétariat : (331) 57 27 83 86
Fax: : (331) 57 27 83 72

Molécules Thérapeutiques in silico (MTi)
Université Paris Diderot - Inserm UMR-S 973
Bât Lamarck A, 4e et 5e étage , Courrier 7113
35 Rue Hélène Brion
75205 PARIS CEDEX 13

Secrétariat : (331) 57 27 83 86
Fax: : (331) 57 27 83 72

Molécules Thérapeutiques in silico (MTi)
Université Paris Diderot - Inserm UMR-S 973
Bât Lamarck A, 4e et 5e étage , Courrier 7113
35 Rue Hélène Brion
75205 PARIS CEDEX 13

Secrétariat : (331) 57 27 83 86
Fax: : (331) 57 27 83 72